Al-Qur’an merupakan kitab utama bagi umat Islam, petunjuk dari Tuhan semesta alam yang diturunkan kepada Baginda Muhammad SAW melalui malaikat Jibril. Melalui kitab Al-Qur’an ini, Allah SWT memaparkan kisah-kisah yang bisa menjadi tauladan bagi umat Islam, kewajiban-kewajiban dan juga larangan. Melalui Al-Qur’an pula Allah SWT memberi gambaran kepada manusia terkait hakikat kehidupan dan dijalani manusia. Maka dari itu, tidak logis jika seorang mengaku muslim tetapi tidak mempelajari isi kandungan Al-Qur’an atau bahkan tidak bisa membaca Al-Qur’an.
Dari situ, SMP Islam Terpadu Al Mubarok, sebagai Lembaga Pendidikan Islam ingin ikut serta mendidik anak-anak penerus bangsa untuk belajar Al-Qur’an, mulai dari membaca, menghafal dan juga memahami ajaran islam yang terkandung dalam Al-Qur’an.
Melalui Program Unggulan Al-Qur’an dan Diniyah, diharapkan mampu memberikan pembelajaran yang lebih bagi siswa siswi SMP Islam Terpadu Al Mubarok terkait Al-Qur’an dan nilai-nilai Islam yang terkandung didalamnya.
Pada tahap awal semua anak harus mengikuti program BTQ yang dilaksanakan selama satu semester. Diadakannya program ini, dengan maksud agar anak-anak yang masuk SMP Islam Terpadu Al Mubarok yang belum bisa membaca Al-Qur’an, dapat segera membaca Al-Qur’an dan berlanjut ke Program Tahfidzul Qur’an. Kemudian, bagi anak-anak yang sudah bisa membaca Al-Qur’an dengan adanya program ini anak-anak bisa memperbaiki kualitas bacaannya seperti : makhorijul dan sifatul huruf, Panjang pendek, dan lain sebagainya.
Program BTQ SMP Islam Terpadu Al Mubarok, menerapkan metode Cepat Tanggap Belajar Al-Qur’an An-Nahdliyah yang dibimbing langsung oleh ketua Majlis Pembina (MABIN) An-Nahdliyah Kabupaten Kediri. Dalam metode ini siswa harus menyelesaikan 6 jilid dalam jangka waktu 1 semester dan selesai jilid 6, diharapkan anak-anak semuanya sudah bisa membaca Al-Qur’an.
Program Tahfidzul Qur’an ini yang menjadi program unggulan SMP Islam Terpadu Al Mubarok. Target hafalan siswa lulus dari SMP Islam Terpadu Al Mubarok adalah sebanyak 3 juz. Dimulai dari Juz 30, juz 29 dan juz 1. Khusus untuk juz 30 dimulai dari akhir juz atau surah An-Naas dengan maksud agar anak-anak memulai hafalan dari surat-surat pendek atau yang mudah. Hal itu dengan pertimbangan karena kemampuan anak yang berbeda-beda.
Guna menunjang perolehan hafalan siswa, maka diadakan muroja’ah setiap pagi setelah sholat duha dan dzikir pagi. Muroja’ah ini dijadwalkan setiap senin sampai dengan kamis, dengan surat atau ayat yang berbeda setiap harinya dan juz yang berbeda setiap bulannya.