Selain belajar membaca dan menghafal Al-Qur’an, SMP Islam Terpadu Al Mubarok juga menyediakan pembelajaran diniyah guna penanaman nilai-nilai Islam pada siswa. Pembelajaran diniyah dilaksanakan dengan metode pesantren atau dengan pembelajaran kitab kuning. Kitab yang diajarkan memuat empat pokok pembelajaran agama yaitu: Akhlak, Aqidah, Fiqih dan Tarikh. Kitab yang diajarkan pada setiap jenjang berbeda-beda sesuai dengan tingkatannya.